试管婴儿给众多不孕不育夫妇带来了新生命的希望，但还是有许多科学家指出，试管婴儿没有经过严格的安全性试验和评价就直接进入了临床。由于不孕不育人群对新生命的渴求异常迫切，自1978年第一例试管婴儿路易丝·布朗出生后不久，这一技术就迅速而大规模地进入临床了。在过去未见异常的试管婴儿，等到步入成年后，他们的智力水平和社会能力是否有异常？试管婴儿年老后罹患各种疾病的风险是否比正常生育的儿童更大？这至今仍是未解之谜。

有些医学专家指出，试管婴儿与自然受孕存在着许多细节上的差异。如自然受孕过程中，20亿个精子相互竞争，只有2000个精子进入子宫，200个精子进入输卵管，最后只有最强最快的一个精子才能和卵细胞受精。而试管婴儿技术在选取精子时，一般只是通过观察精子的外部形态特征来进行筛选，精子只要形体完整就可以被选用。

自然选择与人工选择两者间的巨大差异，在胚胎形成、生长发育中会产生怎样的影响，应该做进一步研究。除精子遴选外，试管婴儿的受精卵还需要在试管或培养皿中度过2～3天，接触的氧气比子宫中的多，而且受精卵是在培养液中生活的。试管或培养皿的环境与子宫内环境显然有差别，会对试管婴儿的基因表达产生影响，这些影响给试管婴儿带来的是福还是祸？这也是今天难以回答的问题。

有科学家指出，试管鼠与普通鼠在“闯迷宫”实验中的表现也存在差别，普通鼠走过几次就能记住迷宫的出入路线，而试管鼠则较为迟钝，这显示两种鼠在学习和记忆方面的差异。据说，美国科学家也在试验中发现，试管婴儿与普通人之间约有10％的基因表达出现差异。

根据这些现象，有部分专家建议，面对日益普遍的试管婴儿技术，亟须给试管婴儿建立规范的回访机制，同时要对已经出生的试管婴儿进行跟踪研究，研究他们出生后不同年龄段的发育状况、生长水平，综合分析他们成长中的学习成绩、成年后的社会角色，全面评价他们进入老年后的患病风险等。只有建立大规模真实有效的试管婴儿数据库，试管婴儿技术的安全性评价才能得到完善。